واصلت وزارة الداخلية في حكومة الانقلاب، على مدار عام 2016، ممارسة أساليب وصفتها منظمات حقوقية محلية وإقليمية ودولية، بالجرائم البشعة، منذ الانقلاب العسكري في 3 يوليو 2013، من قتل وتعذيب وتنكيل واعتقال وتلفيق للقضايا، وغيرها من الممارسات غير القانونية.

وتلقى المكتب الفني للنائب العام المعين من قائد الانقلاب، خلال هذا العام، إخطارات من النيابات المختصة على مستوى الجمهورية ومصلحة السجون وأقسام الشرطة في جميع المحافظات، تفيد بوفاة قرابة 100 محتجز ما بين مسجون ومحبوس احتياطي، وأن أغلب هذه الوفيات نتيجة تعذيب بشع، وقليل منها نتيجة هبوط في الدورة الدموية، أو حالات مرضية خطيرة لم يتم إسعافها. وتوزّع المتوفون بين سياسيين - وهم الأغلبية - ومحبوسين جنائيين.

وذكر مصدر قضائي بارز، وفق مصادر صحفية، أنه تم تحرير بلاغات وشكاوى يقدر عددها بـ1600 بلاغ وشكوى، تتهم وزارة الداخلية، ممثلة في الأفراد القائمين عليها، بمختلف الرتب والدرجات الوظيفية، بارتكاب جرائم جنائية مؤثمة بقانون العقوبات، أو مخالفات قانونية أو إجرائية.