كشفت حركة أبناء الأزهر الأحرار أن شيخ الأزهر أحمد الطيب اتفق مع قائد الانقلاب عبد الفتاح السيسي على إلغاء تبعية الكليات المدنية، وهي كليات الطب والعلوم والهندسة والتربية والزراعة والصيدلة لجامعة الأزهر، بزعم أن التعليم الأزهري يجب أن يكون قاصرًا فقط على  الكليات الشرعية.

وأرجع المتحدث الرسمي للحركة هذا الاتجاه إلى أن قائد الانقلاب ينفذ مؤامرة تستهدف إلغاء التعليم الأزهري، تبدأ بفصل الكليات النظرية والعملية عن الجامعة، ثم بعد ذلك إلغاء التعليم الأزهري كاملاً.

وشدَّد على أن الهدف من قرار فصل الكليات المدنية عن جامعة الأزهر هو حرمان المجتمع من الأطباء والمهندسين والصيادلة، الذين لهم خلفية شرعية إسلامية.

وقال: إن شيخ الازهر أوكل إلى لجنة خاصة- تم تشكيلها من شخصيات داخل وخارج التعليم الأزهري- مهمة بحث الطرق التي يتم بها وقف التعليم غير الشرعي في جامعة الأزهر، وآليات التخلص من آثاره "السلبية" وكيفية تنفيذ ذلك دون اضطرابات.

وأكد أن الخطة تتضمن أن يبقى التعليم الأزهري في المراحل الأساسية كما هو مع إمكانية التحاق خريجي الثانوية الأزهرية بالجامعات غير الأزهرية، مع رفع درجات القبول مقارنة بخريج الثانوية العامة.